对于一天吃多少粒南瓜子没有具体的数值，对于正常人来说，建议一天吃50g左右，也就是一小把，有保健效果，但对于肥胖、胃功能较差以及肝功能损伤等人群，需酌情减少食用量，以免引起机体的不适感。
南瓜子中含有较多矿物质、蛋白质等营养物质，适量吃可以为机体补充营养。南瓜子中的磷、锌、硒等矿物质较多，因此适当食用具有保护眼睛、缓解眼疲劳等作用。
由于南瓜子中脂肪含量较高，因此，若长期大量食用可能会导致肥胖。南瓜子中含油脂较多，若胃功能较差者或者肝脏功能受损者大量食用后，油脂可能会在胃肠内聚集，加重胃肠负担或者肝脏负担，出现恶心、头晕、腹胀、腹泻等症状。在食用过多南瓜子后，特别是经炒制过后的南瓜子，由于南瓜子内水分较少，大量食用后还可能会出现口干、咽喉肿痛等症状。
在进食南瓜子时，应注意不要食用变质的南瓜子，以免食用后出现恶心、呕吐、腹痛等症状。